소스 확인하였습니다.
아마도 소스를 utf-8로 작성하신것 같습니다.
그럼 당연히 프로젝트 설정도 utf-8로 하셨다는 가정에서 설명하도록 하겠습니다.

보내주신 multi2.jsp와 mulpro.jsp에서는 수정하실것이 없습니다.
downloadtest.jsp에서 이부분을 이렇게 수정해 주시기 바랍니다.

File file = new File(realPath + "/" + new String(name.getBytes("8859_1"),"utf-8"));

즉 8859_1로 변경해 주시는 겁니다.(반드시 언더라인)

그리고 톰캣7.0으로 실행시킨 결과 크롬에서는 잘 실행되었고 익스플로러에서는 다운로드 할때 팝업창에서 글자가 깨지기는 했으나 제대로 다운로드는 되었습니다.

1. 프로젝트 설정에서 utf-8로 설정
2. 8859_1로 변경
3. 톰캣7로 구동

이렇게 다시 한번 해보시기 바랍니다.